Frecuencia de alelo menor en predicción genómica para características de crecimiento en bovinos Suizo Europeo

Abstract

En el estudio se compararon umbrales de frecuencia del alelo menor durante el control de calidad de los genotipos, utilizando polimorfismos de nucleótido simple para predecir valores genómicos de características de crecimiento en bovinos Suizo Europeo. El análisis se realizó con 28,973 y 18,994 registros de pesos al nacimiento y destete, 12,835 polimorfismos de nucleótido simple y 300 animales. Las características se analizaron bajo el enfoque de evaluación genómica en un solo paso. Los criterios de comparación fueron: 1) jerarquización de valores genómicos: se estimaron coeficientes de correlación Spearman y Pearson entre valores genómicos predichos con frecuencia estándar del alelo menor (0.05) y niveles menores; 2) habilidad de predicción de los modelos: se realizó validación cruzada con cuatro repeticiones y se obtuvo el promedio de los coeficientes de correlación de los fenotipos reales contra predichos; y 3) coeficiente de regresión simple: los valores genómicos obtenidos con frecuencia del alelo menor estándar e inferiores, fueron las variables independiente y dependiente, respectivamente. El efecto del nivel de frecuencia del alelo menor en la jerarquización de los valores genómicos no fue importante (correlaciones mayores que 0.99, <2.2x10^-16). La habilidad predictiva del modelo fue similar: 0.7 promedio. Los coeficientes de regresión fueron cercanos a uno (0.99, <2x10^-16). Los resultados sugieren que una frecuencia del alelo menor entre 0.0 y 0.05, no altera las predicciones de valores genómicos en poblaciones pequeñas. Sin embargo, estos resultados son preliminares y susceptibles a cambios si el estudio se repite con un número de marcadores y animales mayor.